עיקר הלימודים בתוכנית הם קורסים משלושת המחלקות השותפות. בכל אחד מהתחומים נלמדת הליבה הדיסציפלינרית בנוסף לקורסי רשות מתקדמים. לצד זה ניתנים מספר קורסים ייחודיים לפכ"מ המכוונים להעניק את נקודת המבט המשולבת. בין קורסים אלה ניתן לציין את קורס הדגל של שנה א' המבוא האינטגרטיבי: מדינה, משק, מוסר המציג נקודות מפגש בין מדע הכלכלה ומדע הפוליטיקה, דן בסוגיות פילוסופיות ומתודולוגיות משותפות, ופותח צוהר לכתבים מרכזיים בתחומים הללו.
קורסים יחודיים שונים הנלמדים בשנים ב'-ג' כוללים: תורת המשחקים לפכ"מ, היסטוריה כלכלית, פילוספיה של מדעי החברה, וכן קורסי רשות כגון הפילוסופיה של מדינת הרווחה, ותולדות המחשבה הכלכלית. נציין בין קורסים אלה את יסודות בכלכלה פוליטית המניח תשתית תיאורטית ומושגית לניתוח תהליכים ותופעות בכלכלה הפוליטית של משקים דמוקרטיים ומתועשים; ובכלל זה: שוק ההון, שוק העבודה, מדינת הרווחה, אי-שוויון, הפרטה ורגולציה, ומשברים כלכליים.
בשנה השלישית ללימודים זוכים תלמידי פכ"מ להזדמנות ייחודית לכתוב עבודה סמינריונית לפי בחירתם בתחום המעניין אותם ובהנחייה אישית של חבר סגל מהאוניברסיטה. גולת הכותרת של לימודי התוכנית היא הסדנה להצגת עבודות אישיות - סדנה אינטנסיבית וחוויתית הנערכת בסוף שנת הלימודים ונמשכת שלושה ימים ובה מציגים התלמידים את עבודתם ונעזרים בהערות עמיתיהם וסגל התוכנית בהמשך כתיבת העבודה.