רובם הגדול של בוגרי פכ"מ ממשיכים ללימודים מתקדמים בארץ ובעולם. חלקם ממשיכים לתואר שני בפילוסופיה, בכלכלה או במדע המדינה. אחרים לומדים בתוכניות מוסמך ייחודיות כמו  למשל מדיניות ציבורית באוניברסיטה העברית, או התוכנית בפילוסופיה וכלכלה ב-LSE. לא מעט מבוגרי התוכנית ממשיכים ללימודי דוקטורט באוניברסיטאות המובילות בעולם כמו אוקספורד, UCL, ו-LSE באנגליה, או סטנפורד, פרינסטון, מישיגן, ואחרים בארה"ב. חלק מבין מסיימי הדוקטורט השתלבו בסגל האקדמי הבכיר במחלקות למדע המדינה, לכלכלה ולפילוסופיה, וכן במחלקות ליחסים בינלאומיים ולמשפטים - באוניברסיטה העברית בירושלים, באוניברסיטת בן-גוריון בנגב,  ובאוניברסיטת בר-אילן.

בוגרים אחרים עובדים במכוני מחקר כגון מכון ירושלים לחקר ישראל, המכון לרפורמות מבניות, מכון ראות ועוד. קבוצה גדולה של בוגרים נמצאת היום במגזר הציבורי - בין היתר במועצה הלאומית לכלכלה במשרד ראש הממשלה, באגף התקציבים במשרד האוצר, ובכל משרדי הממשלה והרשויות. שאר הבוגרים עובדים בתקשורת, בחינוך, ובמגזר הפרטי.