ביסוד תכנית הלימודים המשולבת בפילוסופיה כלכלה ומדע המדינה, עומדת ההכרה שהמציאות החברתית הנבחנת היא רב-מימדית ומחייבת בחינה מנקודות מבט דיסציפלינריות שונות. הפוליטיקה והכלכלה כרוכות זו בזו, והפילוסופיה מתבוננת באופן ביקורתי ומוסרי הן על מבנה המשק והמדינה והן על כלי הניתוח שבהם הם נבחנים.

תוכנית הלימודים נועדה לשלב את הטוב שבעולמות: פרקטית אבל אינטלקטואלית, מפתחת כושר לפתרון בעיות רציונאלי ביחד עם רגישות הומאנית, מעודדת את היכולת לנקוט עמדה ביקורתית אבל גם להכיר במגבלות המציאות. תלמידי התוכנית עתידים להיות פילוסופים שחשים בנוח עם ניתוח נתונים אמפיריים, כלכלנים המודעים להקשר הפוליטי של ניתוחיהם, חוקרי ומעצבי מדיניות המבינים את ההשלכות הכלכליות של מרשמיהם - וכולם ערים לסוגיות המוסריות הכרוכות במבנה המשטר והמשק והתנהגותם.

הביקוש הגבוה לתוכנית מעלה מטבע הדברים את סף הקבלה. עם זאת, התוכנית מעולם לא הוגדרה כתוכנית מצטיינים. ציונים גבוהים או יוקרה אינם מובטחים לבאים בשערי התוכנית. את אלה ייטיבו להשיג במסגרות אחרות. עם זאת, מצוינות במובן המהותי טבועה עמוק באתוס התוכנית. הבוחרים ללמוד בתוכנית זו לא בוחרים בדרך הקלה. הם יודעים שיצטרכו ללמוד שלוש "שפות" שונות, ולהפנים שלוש דרכי חשיבה. הציפיה מתלמידי פכ"מ שיתמידו ויופיעו בכל ההרצאות, שיגיעו מוכנים לשיעור לאחר שקראו את החומר, שיפגינו בעבודתיהם בקיאות נרחבת, ארגומנטציה מדויקת, וחשיבה עצמאית.

על כל זאת מתווספת התשוקה לתיקון עולם, והמחויבות הפוליטית-חברתית המאפיינות את תלמידי פכ"מ ובוגריה. דבר זה מקבל ביטוי בתחומי הלימוד והמחקר, במסלולים לתארים המתקדמים שהם בוחרים, בהתנדבות וביזמות חברתית, ובמקום שהם בוחרים לעבוד כסטודנטים ועם סיום לימודיהם.

תוכנית פכ"מ באוניברסיטה העברית בירושלים נפתחה בשנת הלימודים תש"ס (1999/2000). בעת ההיא, מלבד התוכנית הוותיקה והיוקרתית של אוניברסיטת אוקספורד, היו ברחבי העולם תוכניות ספורות בלבד במתכונת דומה. PPE האוקספורדית אמנם היתה להשראה, אבל כאן באוניברסיטה העברית ניסינו, בדומה לתוכניות החדשות יותר, להציע תוכנית אינטגרטיבית שהיא יותר מאשר צירוף של שלושה תחומים.

התוכנית הוקמה ביוזמתם ובגיבויים של רקטור האוניברסיטה דאז מנחם בן-ששון, ודיקן הפקולטה למדעי החברה יעקב מצר. והיא גובשה על ידי צוות שבין חבריו נמנו אבנר דה-שליט, נתן זוסמן, ודני אטאס שמונה לראשות התוכנית עם הקמתה. 

המחזורים הראשונים מנו כ-30 תלמידים ותלמידות. מאז ועד היום הביקוש עלה, המחזורים גדלו, ונתוני הקבלה המריאו. יחד עם זאת, לא אבדה תחושת השייכות לקבוצה, הגיבוש החברתי והמסגרת המפרה אינטלקטואלית - במקום ההיבלעות בהמון אנונימי שעלולה להיות ממאפייני חוג לימודים גדול יותר. היום מתקבלים בכל שנה כמאה תלמידים ותלמידות, ונתוני הקבלה הם מהגבוהים באוניברסיטה. 

עיקר הלימודים בתוכנית הם קורסים משלושת המחלקות השותפות. בכל אחד מהתחומים נלמדת הליבה הדיסציפלינרית בנוסף לקורסי רשות מתקדמים. לצד זה ניתנים מספר קורסים ייחודיים לפכ"מ המכוונים להעניק את נקודת המבט המשולבת. 

הלימודים בתוכנית כוללים קורסים משלושת המחלקות השותפות. בכל אחד מהתחומים נלמדת הליבה הדיסציפלינרית בנוסף לקורסי רשות מתקדמים. לצד זה ניתנים התוכנית  מציעה קורסי חובה ובחירה ייחודיים לפכ"מ המכוונים להעניק את נקודת המבט המשולבת.